Liiton hallituksessa ovat edustettuina eri jäsenryhmät eli laivanselvittäjät ja satamaoperaattorit, rahtausmeklarit sekä linjaliikenne- ja konttivarustamot.
Hallitukseen kuuluu kahdeksan jäsentä ja puheenjohtaja. Hallituksen jäsenyys kestää kolme vuotta, jonka jälkeen kaksi varajäsentä nousee hallitukseen ja vuosikokous valitsee kaksi uutta varalle. Hallitus vastaa liiton toiminnan suunnittelusta ja taloudesta. Liitolla on yksi työntekijä, toiminnanjohtaja, joka vastaa liiton toiminnan käytännön toteutuksesta.
Liiton korkein päättävä elin on vuosikokous, joka kokoontuu kerran vuodessa keväällä. Jokaisella jäsenyrityksellä on vuosikokouksessa äänioikeus.
