Förbundets styrelse består av företrädare för de olika medlemsgrupperna, det vill säga skeppsklarerarna och hamnoperatörerna, befraktningsmäklarna samt linjetrafik- och containerrederierna.
Styrelsen har åtta ledamöter och en ordförande. Styrelsemandatet är treårigt, varefter två ersättare blir ordinarie medlemmar och årsmötet väljer två nya ersättare. Styrelsen ansvarar för förbundets verksamhetsplanering och ekonomi. Förbundet har en anställd, verksamhetsledaren, som ansvarar för genomförandet av förbundets verksamhet i praktiken.
Förbundets högsta beslutande organ är årsmötet, som sammanträder en gång om året på våren. Varje medlemsföretag har rösträtt på årsmötet.
